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下面介绍一个软件，2012年发表在Bioinformatics上，目前引用接近300次。

我是在一篇数据库文献里看到了这个工具。

BLAST是非常经典的比对算法，后来出现的BLAT速度能比BLAST快100倍，但是对于非常相似的序列比对，结果会丢失一部分(>20%)相似性较低的结果。RAPSearch是用于短蛋白序列相似性比对的工具，速度比BLAST快~20-90倍。但是内存占用比较大。RAPSearch结果丢失的比例<5%。

作者再次基础上又推出了RAPSearch3，内存占用较小，且速度比之前又快了2~3倍。单线程运算需要2G内存，4线程运算需要3.5G内存。

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